遵校方安排，目前科研處主要負責處理的項目有：科技發展基金(FDCT)項目、高教基金(DSEDJ)項目，以及其他澳門政府機構資助的橫向項目。此外，珠海研究院項目也由科研處管理。

項目批函中會標示出項目執行時間，只要是項目在研期間，符合資助範圍的經費，均可申報。如項目已產生費用，建議盡快上單申報。

項目組填寫“經費開銷申請表”（粉紅單），並後附報銷內容相關的文件材料。如勞務費，需後附人員有效合法工作證件、簡短CV等。相關報銷要求所需文件，請於Wemust中科研處部門文件內查閱。此外，科研處每年都會舉辦項目經費報銷說明會，建議項目組人員積極參與。

項目組提交報銷文件後，科研處會依據大學內部流程跟進。如需採購，則會轉送文件至大學總務處跟進。如報銷文件有疑問，科研同事會電郵聯絡項目組人員確認。項目組人員請隨時查看電郵，並及時回復，以便跟進。

校內老師的勞務費，按大學相關規定，經HR於每月工資中發放；其他人員實報實銷的費用，由科研處以支票的形式，委託學院行政同事代為發放。供應商的款項，基本是以支票或國際匯款的形式進行。

澳門本地供應商，不能進行匯款。所有申報供應商的款項，均需提供“付款申請表”，包括澳門供應商。

項目在研過程中，因“付款申請表”提供的收款人或供應商賬戶有誤，而導致產生退匯/改匯等額外費用，均需由項目組或供應商承擔。

票據抬頭應依據資助機構的要求填寫。如FDCT，發票抬頭應為：澳門科技大學；其他無需填寫。珠海研究院的發票抬頭應為：珠海澳科大科技研究院，統一社會信用代碼：5244 0400 3105 4809 8G，單位地址：珠海市横琴新区环岛东路1889号创意谷21栋401室-07卡位。

項目組上單後，科研處會按照流程跟進，如涉及採購，會轉至大學總務處跟進，完成採購後，總務處將整份文件退回至科研處。科研處以匯款形式支付供應商款項後，科研同事會發送銀行回單郵件至項目組跟進同事，請及時查收。項目組同事收到郵件後，請及時通知供應商核對並提供相應收據！

項目負責人發電郵給科研處，查詢項目經費使用情況，然後據此填寫預算調整表，以郵件形式提交給科研處複核，確認無誤後，打印簽名交科研處跟進遞交資助機構。。

項目結題時，資助機構判定不獲報銷的款項，需由項目組退回給大學轉交回資助機構。

項目報告中的財務數據，會由科研處統一代為填寫。如項目負責人想了解項目經費使用情況，建議可由Wemust系統中“科研”模塊進行查詢。